長崎県商工会連合会では、基金２５億円の運用益により、「長崎県農商工連携ファンド事業」を実施しています。この事業は、長崎県内の品質優良、豊富で多様、かつ安全な「農林畜水産物」等の地域資源と、中小企業等が有する技術開発力や販売力等の経営資源を、両者の連携により新産業の創出や販路拡大に結びつけ、地域経済の発展を図ることを目的に実施しています。